เครื่องหมายและสีประจำมหาวิทยาลัย
เครื่องหมายของมหาวิทยาลัยธนบุรี
          ประกอบด้วย วงกลม 3 วงซ้อนกันอยู่บนรูปโล่สีแดง 8 เหลี่ยม วงกลมที่ 1 สีน้ำเงิน วงกลมที่ 2 เป็นสีเขียวซ้อนอยู่บนวงกลมสีน้ำเงิน โดยมีช่อใบมะยม 2 ช่อ และชื่อ มหาวิทยาลัยเป็นภาษาไทยและภาษาอังกฤษ ซึ่งตัวอักษรเป็นสีน้ำเงินวงกลมที่ 3 เป็นสีเหลืองซ้อนอยู่บนวงกลมสีเขียวด้านบน ประกอบด้วยโล่สีแดงสลับสีน้ำเงิน และ มีอักษรย่อ ม.ธ.ร. สีเหลืองอยู่ในโล่
  โล่
หมายถึง การพัฒนาการศึกษา เพื่อก่อให้เกิดการมีชื่อเสียง ความมีเกียรติ ศักดิ์ศรี เป็นที่ยอมรับเชื่อถือได้
  วงกลมสีเขียวใบไม้
หมายถึง การอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมและธรรมชาติ
  วงกลมสีน้ำเงิน
หมายถึง ความจงรักภักดีต่อสถาบันพระมหากษัตริย์
  วงกลมสีเหลือง
หมายถึง คุณธรรม จริยธรรม
  สีประจำมหาวิทยาลัย
  สีแดง
หมายถึง ความจงรักภักดีต่อชาติและสังคม
  สีน้ำเงิน
หมายถึง ความจงรักภักดีในสถาบันพระมหากษัตริย์
  สีเขียว
หมายถึง ความมุ่งมั่นที่จะอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม และศิลปวัฒนธรรมที่ยั่งยืน
  สีเหลือง
หมายถึง การมีคุณค่า และรักษาคุณค่าของตนเองด้วยคุณธรรม และจริยธรรมที่ดี