ส่วนประกอบของเครื่องหมาย
เครื่องหมายของมหาวิทยาลัย ประกอบด้วย วงกลม 3 วง ซ้อนอยู่บนรูปโล่สีแดง 8 เหลี่ยม
วงกลมที่ 1 สีน้ำเงิน
วงกลมที่ 2 เป็นสีเขียว ซ้อนอยู่บนวงกลม สีน้ำเงิน โดยมีช่อใบมะยม 2 ช่อ และชื่อมหาวิทยาลัยเป็นภาษาไทยและภาษาอังกฤษ ซึ่งตัวอักษรเป็นสีเงิน
วงกลมที่ 3 เป็นสีเหลือง ซ้อนอยู่บนวงกลม สีเขียว ด้านบนประกอบด้วย โล่สีแดงสลับสีน้ำเงิน และมีอักษรย่อ มธร. สีเหลืองอยู่ในโล่
ส่วนประกอบของเครื่องหมาย
ตรา สัญลักษณ์ และ สีประจำมหาวิทยาลัยธนบุรี
ความหมายโดยรวม คือ มหาวิทยาลัย จะเกี่ยวข้องกับกระบวนการศึกษา ด้านความรู้ ทักษะ และ ด้านคุณธรรม จริยธรรม การรักษาสิ่งแวดล้อมที่มีพื้นฐานที่มั่นคง
ที่สำคัญ มีความจงรักภักดีต่อชาติ และสถาบันพระมหากษัตริย์ ความมีเกียรติและศักดิ์ศรี มีความสามารถในการปรับตัวได้อย่างต่อเนื่อง พยายามสร้างสรรค์สิ่งที่มีคุณค่าต่อสังคม
และรักษาความเป็นไทยตลอดกาล
ความหมายของสี
สีประจำมหาวิทยาลัยธนบุรี คือ สีเหลืองทอง
สีประจำคณะวิศวกรรมศาสตร์ คือ สีเลือดหมู
สีประจำคณะบริหารธุรกิจ คือ สีน้ำเงิน
สีประจำคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี คือ สีเหลือง
สีประจำคณะบัญชี คือ สีฟ้า
สีประจำบัณฑิตวิทยาลัย คือ สีม่วง
